Es gab Zeiten, da wurden beide Begriffe trotz ihrer unterschiedlichen Bedeutung gleich geschrieben, nämlich Seite. Um die Unterscheidung deutlich zu machen, wurde im 17. Jahrhundert die Schreibweise »Saite« eingeführt.
Die Aussprache ist bei beiden Wörtern natürlich gleich geblieben.
Der sprachliche Ursprung der »Seite« liegt im germanischen »seidōn«, das später im Althochdeutschen zu »sīta« wurde und Flanke oder Seite [eines Körpers] bedeutet.
Die »Saite« leitet sich etymologisch vom althochdeutschen »seito« oder auch »seita« ab, das für Strick, Schlinge oder Fessel steht.
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